据考证,石窟群距今至少有1700年的历史。关于它的来历和作用,目前共有十五种说法,分别为：石窟屯兵说；徽商屯盐说；史前文明说；山丘说；采石场说；皇陵说；道家褔地说；功能转化说；花石纲说；方腊洞说；临安造殿说；徽州府、渔梁坝说；杀人坞说；巨型石文化建筑说。

　　其中占主流的说法主要有两种：一种认为这里曾做屯兵时的驻地和弹药库之用。《新安志》上记载：“东汉时期,孙权为削平黟、歙等地,派威武中郎将贺齐屯兵于溪水之上,后改新安江上游水域为“屯溪”。这既解释了“屯溪”地名的由来,也为石窟群提供了一种答案。这种说法可由窟内遗留的矛、斧、大量未使用过的石块,以及某些岩壁上留有烟熏的痕迹等为佐证。

　　另一种说法则认为石窟是徽商为储盐而建。古代的徽州地理位置封闭,通往外界的捷径只有新安江。因而这里成为物资集散地,徽州盐商们便在此开凿石窟建成盐库。这种说法可以很好地解释石窟群中的石窟规模不同、样式各异的原因,因为它们分属于不同的盐商所有。

　　花山谜窟留给后世的是无尽的遐思,它激起了人们猎奇的心理,使慕名而来的学者、游人络绎不绝。如果有朝一日这些谜团被一一阐释,那么谜窟还会象现在一样充满诱惑吗？

　　这也该是一个谜吧！