公元1401年岁未，燕王朱棣联合各方势力，占据了北平广大地区，朱棣派人接南宫俊启程赴北平与他会合，南宫俊拜别了恩师准备启程。
南宫俊来卧房，见云珠正默默地收拾行囊，便上前轻轻抱住云珠，云珠依偎在他的胸前,轻声说道:
“相公，这一路山高水远要多加小心，答应云儿，要平安的回来！”
南宫俊低下头，用脸颊紧贴着云珠的脸颊，说道：
“我会万事小心的，可你也要答应我，要照顾好自己，好好吃饭，天冷了多穿几件衣服，千万别生病……”
云珠紧紧抱着南宫俊，泣不成声地点点头，她握住南宫俊的手放在腹部，说道：
“相公，我们……等着你回来！”
南宫俊激动地看着云珠，又看看云珠的小腹，说道:
“我们有孩子了，我有儿子了！”
云珠的泪水滚滚而下。
“相公，恰逢乱世，只怕这孩子……来得不是时候！”
“谁说他来的不是时候，他来的正是时候！夫人，一定要好好保重身体，照顾好师傅，等我回来！”
南宫俊顺利地抵达北平，朱棣深知他身后有曹鸿年在朝中势力撑腰，又是刘基的弟子，所以对他另眼相待，特封他为御前带刀侍卫统领兼御医，南宫俊也常为朱棣出谋划策，深得朱棣的信任。
公元1402年六月，朱棣的大军誓师渡江，南宫俊事前买通京城的守军门将，朱棣大军一到，守军打开城门受降，朱棣的大军很顺利地进入京城。
话说朱棣顺利地攻进京城己是子夜时分，他的大军围住皇宫，正准备进入宫门的时候，天空突然红光闪闪，降下火雨，几块大石头从天而降，正砸在皇宫的屋顶上，顿时皇宫一片大乱，宫中燃起熊熊大火，大火烧了三天三夜，事后，朱棣派人搜遍整个京城，也没找到建文帝——朱允文的踪影。
有传言说是朱允文自焚身亡，也有人说是趁宫中起火，京城大乱之际，被人从地道救出逃出城外，朱棣大伤脑筋，他怕朱允文没死，组织军队以皇帝的名义讨伐他。
朱棣登基后，又听说朱允文逃到境外的小国家藏匿，遂派郑和率舰队出使国外，一是为了打听朱允文的下落，二是顺便和国外客商做些买卖，增进各国之间的文化交流，不管结果如何，当年朱棣派郑和七下西洋的壮举，为中国人在世界航海史上留下辉煌的一笔。
至于，天降陨石皇宫起火，建文帝朱允文失踪一事，被世人传得是沸沸扬扬，那天夜里皇宫到底发生了什么事，谁也说不清楚，至今留下一个谜团……
就在朱棣的大军誓师渡江的前夕，南宫俊秘密潜回京城,做大军挥师南下的准备工作，并在京城客栈和刘基会面。
